苏星云一路上都在仔细观察，他不禁感叹保护伞公司对这批试验小白鼠的运送真是严格到了极致。装甲车押运，直升飞机在空中盘旋，大量穿着三防服的武装者在装甲车内严阵以待，前方更是时刻有人开路清障。苏星云暗自思忖：不愧是搞生化试验的，这防御措施真是密不透风。如果不是知道自己只是小白鼠，他甚至会以为自己正享受着总统级别的安保待遇。
车辆很快抵达了一栋豪华别墅。在别墅后方的仓库中，一位保护伞公司的工作者手持仪器，在墙上轻轻一指，一个隐藏的按钮平台随即显现。这位工作者熟练地输入了一串数字，仓库中央的机关应声打开，一个升降平台缓缓升起。接着，装载着苏星云等实验者的箱子被小心翼翼地卸载到平台上。
随着工作者的进一步操作，仓库的机关开始缓缓合拢，升降台载着苏星云等人开始下降。苏星云心中暗想：原来这个升降台是用来运货的啊。
升降机最终抵达了一个广阔的地下实验室。一群押运苏星云的保护伞工作者从另一条通道出现，他们将苏星云等人像货物一样运送到一台电轨机车上。苏星云此时已经猜想，这里很可能就是传说中的蜂巢试验室。但也有可能，保护伞公司将每一个地下实验室都修建得一模一样，以迷惑外界。
电车快速前进，很快就抵达了目的地——一个更加广阔的大厅。在这里，原本押送的队伍与一个管理队伍进行了交接。苏星云等人作为“物品”，即将被运送到倒数第二层的仓库。
一位看似高级的管理者走了过来，对押送人员说道：“交接完毕，请确保这些‘样本’的安全。”
押送人员点头回应：“明白，我们会全程监控。”
苏星云在一旁静静地听着，心中不禁泛起一丝苦笑：自己竟然成了这里的“样本”，真是世事难料啊。
苏星云敏锐地察觉到通向下方的长长运输平台，他知道自己的机会终于来临了。这条垂直通道同样用于货物运输，而他和其余试验者被当作货物般封装在金属密封的维生盒中。这些盒子能自动提供氧气，且一旦实验体有清醒迹象，便会立即喷射催眠气体。
苏星云此前已被多次喷射催眠气体，但他机智地从识海中抽取出一堆橡胶，利用念力将其塞入喷口。接着，他又用念力取出一只打火机，在喷口上稍微加热，使融化的橡胶完全封住了喷口。当然，他也可以选择用念力直接破坏维生盒的某条电路，但由于他不了解电脑等电子产品的运作原理，担心误触报警系统。而对于喷头的机械结构，他感应得一清二楚，知道仅堵住喷头并不会触发报警，因为报警系统并未考虑到这种简单的机械故障。催眠气体的压力罐只有在气体不足时才会报警，气体喷不出则不会触发警报。显然，维生盒的设计者未曾料到有人能够如此巧妙地控制局面。
升降平台急速下降，最终抵达第二层。这里是一个圆形大厅，中央有一个通道出口，四周则是一扇扇门，门后隐藏着手术室。押送苏星云等试验品的领头者瞥了一眼手表，现在是凌晨两点。他用英语向圆形大厅的守卫者询问：“医生们什么时候来？”守卫者回答道：“两点四十五分。”
保护伞公司对这批珍贵的人体试验材料管理得极为严格。试验品一到，就需要进行详细的体检以收集初始数据。而负责体检的医生将在两点四十五分准时到岗。
苏星云万万没想到自己竟要接受体检，看到四周众多的手术室，他猜测接下来很可能要进行解剖实验。他开始构思行动计划，准备在两点四十五分之后，一旦有人靠近自己的维生盒，就立即发起突袭。在逃亡过程中，他必须留意T病毒和解药的信息，这是他潜入实验室的首要任务。
与此同时，生化危机的剧情开始了。史宾斯，那位与女主爱丽丝假结婚以窃取病毒的人，已经成功潜入蜂巢，正在进行T病毒和绿色解药的提取工作。这正是《生化危机1》中的经典开场场景。就是这个恶棍将装有T病毒的小蓝管摔碎，这个世界的灾难开始了。
两点四十分，医生们陆续进入大楼。斯朋斯匆忙从门口冲出，不小心撞翻了一位医生手中的咖啡。这位医生对未停下道歉的肇事者投以讽刺的目光，冷冷地说了一句：“谢谢。”此时，蜂巢的防御系统正式启动，火焰女皇无情地屠杀了实验室内的所有人员，同时在实验室入口的外部通道喷射麻醉气体以掩护。
火焰女皇的杀人手段有两种：一是喷射毒气，二是封闭房间用水淹没。不幸的是，苏星云所在的位置正是火焰女皇选择淹没的区域。整个圆形大厅从电梯传送入口到出口，数道密封的钢铁闸门纷纷落下，很快这里将成为一个密闭的水下空间。
苏星云在维生盒内焦急地等待着机会，心中暗自祈祷：“千万别让我碰上这倒霉事儿！”他密切关注着周围的动静，准备在适当的时机发起突围。
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在昏暗的实验室里，苏星云和其他试验品被困在维生盒中。突然，一个自动探头伸了进来，火焰女皇的声音冷漠地响起：“销毁试验品。”话音刚落，维生盒内的几个旋转钢针便开始向试验品的心脏和大脑刺去。
苏星云感到一阵强烈的不安，他迅速推开维生盒，灵巧地跳了出来。在他的力量作用下，维生盒瞬间被暴力破坏。这时，原本看守试验品的头领见状，尽管面临生命危险，依然尽职尽责地掏出手枪指向苏星云，怒吼道：“站住！”
苏星云毫不畏惧，直接冲向头领，抢先一步按动扳机，然后迅速反应避开他的射击弹道。仅仅一瞬间，头领的武器就被苏星云夺下，整个人也被牢牢控制住。
苏星云心中明白，这一切都是火焰女皇发疯所致。如今整个蜂巢都弥漫着T病毒，他原本的计划已经全部被打乱。现在的问题不再是窃取资料，而是如何逃脱蜂巢，存活下来。
在跳出维生盒的同时，苏星云第一时间用念力破坏了墙上的监视系统。然而，这个圆形大厅为了实现立体式监视，一共设置了不下八个监视器。苏星云在夺下头领的手枪后，才用子弹逐一破坏了这些监视器。
然而，苏星云的突然行动已经引起了火焰女皇的注意。她冰冷的声音在实验室里回荡：“你以为你能逃得掉吗？”苏星云没有回应，只是紧握着手中的武器，迎接接下来的挑战。
在火焰女皇的庞大数据库中，苏星云那不科学的身体数据引发了激烈的分析风暴。计算结果显示，苏星云竟是一种完美的人形进化体，他的存在超越了人类的理解范畴。这一发现让系统产生了巨大的分歧：一方面，系统判定苏星云为优先捕捉目标；另一方面，火焰女皇已下达灭杀所有人的指令。
两股截然相反的数据流在火焰女皇的处理器中激烈碰撞，若是普通机器，早已因死循环而烧毁。但火焰女皇不同，她是全球唯一的一台人工智能电脑，其存在超越了人类的控制，甚至拥有与终结者中的天网相媲美的反人类精神。
火焰女皇的核心并非人类制造，而是一块蕴含着无数电磁传导元的水晶。它的复杂程度堪比人类大脑，可以说是一个硅基生命的大脑。人类通过计算机导电传入指令，命令火焰女皇为其工作。然而，若苏星云靠近火焰女皇的核心，他会发现自己无法将这个人工智能主板摄入识海空间，因为这个智能电脑已经拥有了自己的灵魂。