不过这一事件也造成了另外一项影响，那就是通过了由东门吹雨提交的“军事及重大行动指挥法案”，规定任何军事行动和重大行动的指挥必须由元老院和执委会下达目标性要求，然后由总参谋部制定方案，交由指挥员具体执行。
在执行中，战役战术决心均由指挥员下达，其他元老只能就执行手段提供建议，不能干涉决策。避免了在此类重大行动中大家做决策，大家不承担责任的问题。
在进行听证调查的同时，企划院对拖到临高的二艘盖伦船进行了全面的清点。原本两船都要在检疫锚地停泊一段时间再进行开舱验货，但是执委会实在等不及了，最终决定立刻进行全船消毒。
向圣瑞蒙多号的船舱内灌入了海天号运回来的余下的氯气，对船舱内部进行了一次大规模的毒杀，事实证明氯气十分有效。事后从两船的甲板下的各个舱室内清理出来几百只老鼠和无数昆虫的尸体。
卫生员们穿着隔离衣在船体内喷洒消毒水，随后，被封存的货物被逐一搬运上来，登记造册之后装上小火车，拉到检疫仓库内逐一开包查点检验。
检疫仓库区很大――所有的进口货物都要在这里进行隔离检疫，必要的话还要进行消毒处理，实际上，目前临高的海关主要干得就是这件事。
为马尼拉盖伦准备的仓库是最大的一间，巨大的铁质桁架托起的屋顶下，成包成箱的战利品正通过轨道车被推进这里，一一按照区域排开。
一百多名归化民工作人员被带了进来，他们来自各个部门：海关、企划院、警察、军队和芳草地的学生。现在他们一色穿着白色的隔离衣：反穿身后系带，全身都无口袋，戴着帽子、防护眼镜和手套。
“按照五人一组分队，逐个开包点验！”孙笑穿着同样的衣服，拿着扩音器吼叫道，“一切物品都要唱报唱登，发现任何异常情况及时报告！现在开始！”
企划院最关心的是贵金属――这也是这次行动最主要的目标。因而凡是类似可能装载白银、黄金的加固的铁皮小箱子是优先打开的对象。一个个的箱子被打开，里面的东西被分门别类的摊在专门的盘子里，由专人登记清点。不断取出来得金币、银币、宝石和珍珠，顿时让整个仓库里变得珠光宝气，熠熠生辉。