特高科与宪兵司令部的关系是表面上的隶属关系，特高科必须服从和协从宪兵司令部指派的工作，而且特高科的经费大部分都是由宪兵司令部调拨。

但是特高科的人事任免却不归宪兵司令部，而是由国内特高科总部直接负责。

尽管宪兵司令部没有特高科的人事任免权，但是特高科在宪兵司令部面前基本上都很老实，要不然的话没有宪兵司令部的支持，特高科就很难开展工作。

而且宪兵司令部的人一向看不起和厌恶特高科的人，毕竟特高科干的都是令人不齿的事情，没有谁会