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李来亨被任命为中军指挥同知，阎应元为指挥佥事，忠卫营由中军都督管辖，接替南京守备掌管南京城防务，肩负起保卫京城安全的重任，守护着大明的心脏地带。

黄蜚因在崇祯南下过程中的卓越贡献，被封为左军都督，封镇海伯，加太子太保。崇祯能够顺利抵达南方，并成功与黄得功取得联系，黄蜚在其中发挥了至关重要的作用，立下了汗马功劳。而随崇祯自天津出海的冯恺章则被任命为左军都督佥事，接替刘孔炤掌管南京江防，犹如一道坚固的水上防线，守护着南京的江域安全。

李成栋因归降之举，为崇祯收编高杰所部提供了有力支持，使得崇祯得以进一步震慑刘良佐，最终成功兵临南京城下，故而被封为右军都督，封武康伯，成为右军的统帅，肩负起重要的军事使命。

李若琏被任命为前军都督，镇守凤阳、寿州，负责进一步整合刘良佐的势力，犹如一把锐利的楔子，插入当地势力之中，以稳定局势，确保大明在该地区的统治秩序。

而此次幡然悔悟、暗中反水的汴城伯赵之龙，因有定策之功，得以晋升为侯爵，并被任命为后军都督。赵孟则任后军指挥同知，负责对京营进行整编工作，汰撤老弱，挑选精壮，重建勇卫营，力求打造一支精锐之师，重振京营昔日的雄风。

此外，崇祯还另设亲军卫，任命高文采为都指挥使，亲军卫的核心职能便是负责崇祯皇帝的人身安全，犹如皇帝身边的忠诚护盾，随时随地护驾左右，确保皇帝的安危万无一失。

朱戈依旧负责暗卫事务。亲军卫和暗卫合起来，在一定程度上继承了当初锦衣卫的部分职能，然而其权力却已被大幅削减，不再如往昔那般权势滔天，以避免权力过度集中而引发的种种弊端，确保权力在合理的框架内运行。

对于刘良佐的处置，崇祯经过反复权衡与深思熟虑，最终决定赐予其虚爵，由广昌伯升为广昌侯，将其留在南京恩养起来，使其远离军事权力核心。这就如将一头猛兽关进笼子，虽给予其一定的待遇，却剥夺了其兴风作浪的能力。而高杰则因种种原因，被崇祯贬职去官，永不叙用，以儆效尤。

刘泽清此次所带的万余人马已然放下武器，接受整编。然而，在淮扬地区仍有部分忠于他的心腹手下，这些残余势力犹如隐藏在暗处的暗流，稍有不慎便可能引发局部动荡，危及大明的稳定。为了避免这种情况的发生，崇祯与刘泽清达成协议，只要他能够积极配合做好军权的移交工作，便可以赦免其死罪，以和平稳定的方式解决这一潜在危机，犹如巧妙地化解了一颗随时可能引爆的炸弹，确保了局势的平稳过渡。

除了上述这些将领之外，如今手握重兵的当属左良玉。然而，崇祯对左良玉却毫无好感可言，此人一贯骄横自恣，目空一切，全然不听从朝廷的调遣指令，已然成为一个拥兵自重、割据一方的军阀。他在其辖区内肆意妄为，勇于虐民，搜刮民脂民膏，搞得民不聊生，而在面对真正的大战时却又胆小怯懦，畏敌如虎，毫无军人之勇与担当。

历史上，他在面对李自成率领南下的大顺军时，不敢与之正面交锋，却假借一个来历不明的太子密诏，以清君侧的名义出兵南京，讨伐马士英。更为甚者，临行之时，他竟然丧心病狂地下令把武昌居民屠戮一空，并扬言“不留一物与贼”，其残暴行径令人发指，天理难容。而他的南下之举，吸引了江北三镇的兵力前去抵御，使得此时南下的满清豫亲王多铎有机可乘，趁机攻下了南京，给大明王朝带来了沉重的打击，加速了其灭亡的进程。

崇祯深知，无论自己如何对左良玉加赏封官，也难以换取他的忠诚与效力。更何况，如今左良玉所占据的武昌乃是大明防御体系中的一个至关重要的战略节点，此地关乎大明的生死存亡，必须要掌握在能够绝对信任的人手中。