由于三代火影与高层的错误决定，人体实验在木叶的上忍圈子里传遍了，甚至在村子里都传播着这些话。
在经过木叶高层的几次商讨，三代火影只能是选择退位，才能平息这件事的风波。
而这个时候波风水门以及千手光来的名字在上忍中频频提起。
一次会议后，波风水门以五票之差领先于千手光来，最终四代火影由波风水门担任。
光来如同之前三代火影交代的那样，担任了木叶技术开发局局长，弦音担任木叶医疗中心主任。
而止水进入了暗部，开始火影的传统艺能，追杀自己的老师大蛇丸。
永带妹继任后，要求了各项事务开始了新的改革。首先就是光来一直在意的人体实验，永带妹下令禁止，要求光来好好彻查技术开发局内部的档案资料。
再者就是要弦音培养医疗忍者，并且继续努力钻研开发新的医疗忍术。暗部由新之助为首，接着掌控，止水为辅。
但止水为明面暗部上的首领，行走于表面，而实际上一切由新之助做主。
光来站在技术开发局的大门前，望着斑驳的墙壁和生锈的铁门，不禁皱起眉头。这里已经很久没有好好打理过了。
"局长大人。"
此时光来的身后传来助手御手洗红豆的声音。
"这是近五年的研究资料。"
光来接过厚厚的一摞笔记，随手翻开最上面的一份，眉头越皱越紧："这些都是什么？人体实验报告？禁术研究？"
御手洗红豆低下头："是的，这些都是大蛇丸大人...不，大蛇丸留下的研究资料。"
"全部销毁。"
光来将卷轴扔在地上："从今天起，技术开发局只进行对村子有益的研究。召集所有研究员，我要宣布新的制度。"
与此同时，弦音正在医疗中心的病房里忙碌。他刚刚完成一台复杂的手术，额头上还带着细密的汗珠。
"弦音主任。"
一名医疗忍者匆匆跑来："又送来一批伤员，是追捕大蛇丸的小队。"
弦音立刻放下手中的病历："准备手术室，通知所有值班医疗忍者集合。"
他快步走向急诊室，脑海中却浮现出止水的面容。自从他加入暗部，已经很久没有消息了。
火影办公室内，波风水门正在处理堆积如山的文件。三代火影的退位事件让村子陷入短暂的混乱，他必须尽快稳定局势。
"水门大人。"