当时，兵部说：“蓟镇修筑台墙，原以匹马不入为功。贼夷拆墙进边，守台官军若罔闻，防守何在？”为严肃军纪，主兵把总李养性及传烽守台官兵周养珠等十人皆被枭首传示，还有八人受军棍不过而亡。唯独沈有容以首功得到了赏赐及对兵部的推荐，沈有容“由是知名”，这一战，才是他军旅生涯的真正开始。

在福建沿海辛劳奔驰十多年的沈有容，终于得以调往浙江升任参将，福建巡抚想要沈有容留下，福建的百姓们也说：“吾侪得再借将军高枕矣。”但沈有容因为十余年没有回家看望老迈的母亲，想要借去浙江任职的机会顺便回乡，就谢绝了。沈有容在浙江任职两年，得到母亲去世的消息，十分伤心，当天便弃官而去，也没等上司批准他丁忧。

此时，倭寇、海盗交相为害，宁波、绍兴、台州、温州都受到了严重破坏。宁波、温州两处参将都被降级、提问，只有沈有容因为在路上堵截得了首功题叙，所以秋天调任天津海防游击，浙江巡抚高举见到邸报后，将沈有容留在温、处，没有去成。

有三只船进入沈有容防守的凤凰洋，因言语不通，沈有容通过写汉字来问，才知道是安南商人裴光袍的商队，遇到风暴，飘至此地。但沈有容手下数十人，却想将这一百二十九人当作倭寇杀了报功，并跪下求沈有容允许，沈有容坚持不允，并下令：“杀一夷者，即戮以徇”，众将士才稍稍安定下来。沈有容将此事上报朝廷，安南商队等候上谕的九个多月，衣食全都是沈有容供给的。考虑到陆行迟缓，特别派了三艘兵船护送他们到了广东，然后交接给广西巡抚送回安南。事后，沈有容认为此事“逾于平生辛苦战功十倍”。但不久，就有人诬告沈有容纳贿，沈有容无奈乞归，一年八请，才得以还乡。

日本“村山舰队”入侵台湾，由于日本当时并没有实力大举入侵明朝，所以就转向侵略朝鲜、琉球，在朝鲜的军事行动虽然失败，但日本却控制了琉球，并想继续南进，吞并台湾。沈有容复职，黄承玄派太宁道林茂槐亲自到沈有容家聘请他，沈有容认为黄承玄大度，可以任人，所以重新回到福建，黄承玄当即任命他为水标参军。

明石道友奉村山等安之命，以送回董伯起为名，携带礼物及上明朝表章一道，停泊在福建王崎澳，要求恢复通商。黄承玄命沈有容出抚，明石道友与董伯起、通事高子美前来。明石道友当时未曾佩刀，沈有容问：“汝何不佩刀？”明石道友答道：“不敢！”沈有容亲自取来一把太刀给他配上，明石道友感激欲死，因为佩刀毕竟是武士的象征，明石道友呈上表文，沈有容因不合体制而却之，只带着董伯起与其他几名一起送归的人回到福建。后来，福建海道副使韩仲雍在接待明石道友之时，对日本的侵略行为进行了严厉的责问，并警告日本“汝若恋住东蕃，则我寸板不许过海，寸丝难过蕃”，明确指出不许日本涉足台湾。

明石道友还未离开，桃烟门又率领三艘战船、倭寇百余人进犯浙江，打破了浙江的一艘兵船，杀了十几名浙兵，又流窜到福建沿海，掳掠了二十余人。他们在驶进东沙白犬澳时，触礁搁浅，只好在此地“搭寮楼住”，欲夺船归。黄承玄得到消息后，将此事全权交给了沈有容负责。沈有容三路围困，用大炮仰攻，焚毁了倭寇的房舍与积聚，但倭寇依然“挥刃装铳，意在拼死突围”，把总何承亮欲要进攻，沈有容说：“困兽难迫，且多礁石，易损舟。彼藏礁石间待我，必大损兵，不如诱而擒之便。”

于是，派遣精通日语的王居华前往晓谕：“汝辈命在须臾；若未有犯唐罪过，分剖明白，或尚可觊一线生路！”并说明石道友已经受抚。桃烟门颇为意动，正在犹豫。次日，有倭寇率大乌船一只、渔船两只前来救援，沈有容“麾率官兵奋力冲攻，戈船飙集、火器雷震”，三船立沉。桃烟门见突围无望，就说：“有道友书来，即从。”明石道友“亦丑其类”，写了书信交给了沈有容，桃烟门等人见了明石道友的书信，便投降了，但有部分顽固分子选择了自杀。

沈有容擒获六十九人，斩了其中两名汉奸，然后分属于诸将报功，此役未伤一名明军。董应举听闻后，叹息道：“东沙之役，某生六十一矣，未见有此不伤一卒、不折半矢、不糜斗粮、不旷时日，去如振叶、归若系豚，捷速而完，功难而易；就使俞、戚再生，亦当首肯矣。”并在今连江县东莒岛西南隅的山崖旁亲自为沈有容书写了题名碑，原文为“万历强梧大荒落，地腊后挟日，宣州沈君有容获生倭六十九名于东沙之山，不伤一卒，闽人董应举题此。”

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那些嫉妒沈有容大功的人跳了出来，认为计擒倭寇是不对的，容易引起倭人的报复，朝廷竟然认为桃烟门不过是过境商人，并未将他们当作倭寇处理。沈有容他们不仅没有得到奖赏，反而又冒功之嫌，黄承玄竟也因此事而移镇，沈有容于是拂衣而归。后来，这些倭寇又行作乱，沈有容之功才得以大白，但那已是沈有容回乡几个月之后的事了。

沈有容在海坛待了一小段时间后，金学曾把他调到了浯铜。浯铜此地乃“吃空额”的渊蔽，沈有容赴任后，“痛洗夙弊，鼓舞士卒”，革除了此弊，提升了士卒的士气。正因为如此，福建各个水寨巡逻兵船多有被倭寇劫掠的，只有沈有容一军擒倭寇十八名，斩首十二级。为了防止又有所抬头的倭患，福建兴泉道的王岵云提议招募巡逻兵800人，商船24只分为二哨，令沈有容统帅其中之一。沈有容得到这股生力军后，马上出海巡逻，直到与广东交界的地方，与一股倭寇相遇，“斩首三十二级，夺回南澳捕盗张京兵船一只”，立了大功。但有官员因为沈有容没将此船物归原主，所以陷害他说：这艘船上，那些所谓被倭寇杀的士卒，都是沈有容为了报功自己杀的，如果此罪坐实，那沈有容就不仅是革职查办的问题了。好在金学曾明察，洗刷了沈有容的冤屈。但因为此事的影响，沈有容前五年等于白干了，没能得到升迁。

朱运昌调任福建巡抚，将沈有容调往浯屿，太守程达认为此地距崇武卫所、料罗卫所都很远，无法相互照应，而且厦门也自有水军，所以建议移水寨于石湖。此提议得到了时任巡海道的徐学聚的认同，胆石湖的老百姓却不乐意，他们认为如此一来“兵害恐其无已”，太守程达只好对老百姓说，徙镇此地的是沈有容，老百姓这才平静下来。因为沈有容治军严整，而且他曾为民请命，请当时的税监高寀停止了征收运粮船的税费。福建靠海且多山，粮食产量甚少，多靠从广东进口，粮价本来就很贵，如果再征收重税，那么福建的民生势必会受到致命的影响，所以百姓们都很感激沈有容，还为他立了生祠，沈有容来带兵，自然不会侵犯百姓的利益。

上下达成一致，改建石湖水寨得以进行，沈有容没向政府要一分钱，用的钱全是靠卖掉旧水寨材料与往年立功得到的赏金，费时约一年，水寨得以建成。期间，沈有容还组织士卒为石湖沿海修了一段石筑的长堤，有效地防止了土壤盐碱化的加剧。水寨建成后不久，有7只倭船横行在浙、闽、粤沿海，沿海将士却不能“以一矢相加遗”。这股倭寇由浙江流窜到福建万安卫所，攻打城池，焚烧船只，劫掠了许多民众，并且在西寨停泊了十余日，沈有容得到消息后，率水军在崇武卫所严阵以待。倭寇不敢前来，从乌邱出澎湖列岛，逃亡东蕃。

台湾自古以来就与我国大陆有着密切的联系：三国时东吴大帝孙权就曾派将军卫温到过台湾；隋炀帝曾三次派人到达台湾；南宋时，已在澎湖列岛驻军；元世祖忽必烈曾两次派人到达台湾，设置了澎湖巡检司，管理台澎；在明朝，郑和下西洋时到达台湾；到了明朝中后期，中国大陆人民的足迹遍布台湾南北，已经开始了开发台湾的进程。

这股倭寇到达台湾后，在大员建立了据点，四处劫掠，并向东南沿海前往台湾的商人、渔民收取“报水”，连台湾土着民也深受其害，不敢再在沿海平原打猎，只好迁往内地山区躲避。朱运昌对此十分头痛，“安得豪杰，为我荡寇分忧者？”当然，只有沈有容，因为沈有容“枭捷善战，每临敌先登，意气闲暇；两舟相隔丈许，提刀飞身过之，立斩数人，一舟披靡，而后众将士从之。又加以沉毅多谋，料敌出奇无穷”，这样智勇双全的将领上哪儿去找？

沈有容得到朱运昌的密令之后，先派遣渔民郭延前往侦察，并秘密备战，在郭延侦知这股倭寇的确切消息后，沈有容下令出征。但“时腊月，非出海候，诸将及舵师皆有难色”，沈有容将朱运昌的密令下达，但为了防止奸细告密，他只说：“吾近往耳，聊以惧窃窃通我分地者。”摆出了一副只是例行巡逻的姿态。

于是，沈有容统战船24只前往征剿，可惜天公不作美，船队在过澎湖时遇上了飓风，船队飘散。因为当时天色已晚，沈有容不得不冒险停泊在地势险峻，船不得并行的丁屿门。在这里等候了三天，飘散的船只才归队，但只剩下了14只船，沈有容认为倭船不过7只，我军是他们的一倍，破之足矣，于是又再向台湾前进。到了第二天，与倭寇相遇，“将军率诸将士殊死战，无不一当百；贼大败，尽出辎重投之于海令我军拾，而姑少缓师。我军无一人取其秋毫，战益力，斩馘火攻，须臾而尽。”是役，“斩级十五，而投水焚溺无算，救回漳泉渔民三百余人”，“倭遂去东蕃，海上息肩者十年”。在明军登陆修整的时候，台湾土着民的一个酋长大弥勒“扶老携幼，竞以壶浆、生鹿来犒王师，咸以手加额，德我军之扫荡安辑之也”，并邀请沈有容去它们的寨子做客。随行的学者陈第将一路见闻记载下来，整理成《东蕃记》，是现存最早的台湾史料。沈有容此次军事行动是明廷在台湾显示主权的一次重要行动，当时福建官府因决策失误未能在台湾开府设县，也没有留下驻军。

小主，

沈有容立此大功返回福建，等待他的却是“总府方索宝，而本将又复忌功”，要没有朱运昌在上面给他顶着，恐怕又不免得咎，但最后的结果竟是“捷闻，文武将吏悉叙功，有容赍白金而已”，只得了六两赏金。这时，朱运昌却因病去世了，沈有容十分伤心，七次具文乞归，但新任巡抚徐学聚坚持不允，沈有容只好继续在福建沿海，奔驰于危涛之间。

荷兰东印度公司成立，派韦麻郎率领一支舰队前往中国。他们的舰队首先停泊在大泥，本来想与暹罗国王的朝贡使团一同去中国碰碰运气，但没想到朝贡使团还未出发，暹罗国王却死了。但韦麻郎却在此地结识了李锦、潘秀、郭震三名中国奸商，也不算没有收获。福建政府派遣了詹献忠等人，去让韦麻郎归国，但他们因为贪图荷兰人的钱财，竟带了许多货物去卖，并且沿海也有许多商人私自去做生意，荷兰人得到了好处，通商的愿望更加迫切了，所以韦麻郎又派通事林玉去贿赂税监高宷。

林玉虽被福建官府抓获了，但高宷已经得到了消息，就派遣了心腹周之范去见韦麻郎“说以三万金与宷，即许贡市”，韦麻郎“赠饷甚侈”，同意了高宷的要求，并派遣通事与头目九人要去福州与高宷详细商谈，但因为风候不对，未能成行。高宷还与他的死党福建总兵朱文达密谋说：“市幸而成，为利不赀。第诸司佐佑，唯公图之！”朱文达于是对福建巡抚徐学聚说：“红夷勇鸷绝伦，战器事事精利，合闽舟师不足撄其锋，不如许之。”但徐学聚头脑清醒，坚持不许，将驱逐荷兰的事交给了参将施德政与都司沈有容。