沈有容听说荷兰强占澎湖，要求通市时，就说：“夷意岂在市？不过悬重赂饵我，幸而售，将鼾睡卧侧，踵香山澳故事，睥睨中土尔。”力主不可通市。受命之后，沈有容认为对待荷兰这件事“剿而得胜，徒杀无罪，不足明中国广大；不胜，则轻罢百姓力，贻朝廷羞，不如谕之”。所以他先释放了林玉，想要用为反间，然后架一艘小船直接去了澎湖。
沈有容见到韦麻郎后，说：“天朝体统甚肃，上有抚、按二台，中有藩、臬诸司，外有将领、郡邑百执事，纲纪相承，凡事非商定不敢以闻。若欲求互市于闽，互市事至钜，孰敢主之？若等皆良商，独不识此乎？”韦麻郎说：“来者俱言市成，将军言不成，何也？”并说高宷的使者已经来了。沈有容又说：“堂堂中国，岂乏金钱巨万万；尔为鼠辈所诳，钱既不返、市又不成，悔之何及！”韦麻郎叹服，“从来不闻此言。”但他的一个手下却在这时拔出战刀来说：“中国兵船到此，想似要与我等相杀，就与相杀何如？”沈有容厉声说道：“中国甚惯杀贼，第尔等既说为商，故尔优容；尔何言战斗，想是元怀作反之意。尔未睹天朝兵威耶？”荷兰人语塞。韦麻郎一方面答应说马上回去，并招待沈有容留下；另一方面将给与周之范的钱财索回，只让他带给高宷玻璃器具等物，让高宷将乞市文书带奏，天子准许后再说三万金的事。
但沈有容等了几天，韦麻郎依旧没有走的意思，沈有容假意说要离开，韦麻郎立刻赶来相留。沈有容厉声对他说道：“郎不去，恃汝舟大与？壑可藏、力可负、凿可沉、撞可破，而舟何可恃耶？郎不闻沈将军破倭奴东海上，海水尽赤？吾不忍若颈之续其后，故谕而归，汝郎不从吾言，吾去矣，郎请后勿见我，毋贻空自悔也！”林玉也在一旁帮忙劝说。在这时，施德政为配合沈有容，已在料罗卫所集结了五十艘战船，并做好了火攻的准备。福建政府又下了严令：“兵民从海外入者，一钱不得着身；挟钱者治如法。”断了荷兰人的妄想。韦麻郎审时度势，只好离开了澎湖。当时荷兰的战舰“舟长二十余丈、高数丈，双底。木厚二尺有咫，外鋈金锢之。四桅，桅三接”，“左右两樯列铳，铳大十数围，皆铜铸；中具铁弹丸，重数十斤，船遇之立粉”，作战能力十分强。
福建水师的战船却多是商船与渔船改造的，虽有五十艘之多，但未必稳操胜券。所以沈有容能谕退荷兰，是十分难能可贵的。韦麻郎离开之前，特别找了画师为沈有容画像，并用铜铳及铳弹与一些特产赠送，以示敬仰。沈有容只收下了铜铳及铳弹，可能已经有师夷长技的思想了。韦麻郎离开后，三位汉奸皆被斩首。沈有容回厦之后，与友人陈第登临南普陀后山，留下了“骋望极天，徘徊竟日”的题名石刻。
然而这时，高宷竟然已经上疏为荷兰人请求互市，听闻韦麻郎离开这事后，顿足说：“德政乃败吾事！”后来，此疏虽被万历帝驳回，但高宷已经嫉恨上了施德政与沈有容。徐学聚本想立即为沈有容表功，但因为“宷党”朱文达等人的阻挠而未能成功，但澎湖的百姓们却没有忘记沈有容的大功，为其树“沈有容谕退红毛番韦麻郎等”的碑刻，是公认的“澎湖第一碑”。
小主，
沈有容还乡未及一年，福建政府派遣使者十次去请沈有容复任，沈有容坚持不许，而且这次连林茂槐的面子也没买。福建的崔御史却也给他写了信。原先沈有容在浙江时崔御史曾经在他离任后，私下里举荐过他，沈有容激于知己，于是复任。但没想到，部分将士因为沈有容先前的功勋而嫉恨他，不与他合作，沈有容十分后悔，又动了回乡的念头。福建巡抚王士昌将水军参府的创建工作交给了他，先前，黄承玄创立了“专统水军，弹压要地，随势排荡”的福建水标参军，并让沈有容担任此职，王士昌更是要在原来的定海卫所建设一军署，以便更好的防卫海疆。沈有容想到此衔是黄承玄为自己特别设置的，所以就又留了下来。
袁八老率其党三千余人流劫福建沿海，后又逃往广东，王士昌将平定海盗的任务交给了沈有容，但此时福建水师已经衰落，战船很少，无法追捕，沈有容只好进行招抚。袁八老“幸听命”，但这时却有人散布围剿的流言，沈有容只好冒险“躬架小舟，抵其船而受降”，招抚才得以顺利进行。
辽东后金国进犯加剧，于是明廷设置了山东副总兵，驻登州，统领水师，以为陆上策应。沈有容因为以往功勋，“为当世名公所知”，被任命了此职。沈阳、辽阳相继陷落，后金占领了辽东半岛及部分沿海岛屿，对明朝造成了严重威胁，因为辽东半岛就像楔子插入海中，直逼天津于山东登莱，如后金从海上进攻，那后果不堪设想。
于是，辽东经略熊廷弼从全局出发，提出了“三方布置之策”，第二条就是“以登莱渡海为奇兵”，并推荐陶朗先为登莱巡抚，驻登州。沈有容也被提升为总兵、都督佥事，“登莱遂为重镇”。据称，当时登莱有水陆兵员共五万人，马万余匹，甲杖火器二百余万，战船两千余艘。
由于辽东“经抚不和”，致使广宁失陷，辽东的民众纷纷逃入沿海的岛屿，日夜盼望明朝水师的救援，但此时陶朗先却不知出于何等考虑，竟然下令：“敢渡一人者斩”。沈有容立即上书争之，并派数十艘船前往救渡，获济的辽东民众共达三万四千余人，后陶朗先因贪赃被视为熊廷弼的党羽入狱，绝食而死，明廷以袁可立代之。
沈有容在登州结识了戚继光的长子戚柞国，当时戚柞国四兄弟正在编辑《戚少保年谱耆编》，它以戚继光的活动为主线，比较全面、真实的记载了戚继光的一生。但年谱完成后，戚柞国等无力将其刊行，幸而得到了沈有容的资助，才得以问世。戚柞国对此十分感激，特地在此书沈有容题的序言后加以附记记载此事：“会我大都督宣城宁海沈老公祖开府东牟，怅门客之浇漓，怜屋乌之幽独，知不肖辈食贫有日，叹先少保功业失传，慨捐资费，为不肖辈成此一书，以传世世。”沈有容的一次义举，为后人了解与研究戚继光，提供了重要的史料。
后金国驻守在复州的副将刘兴祚遣生员金应魁持一封密信交给沈有容，称“欲反正内应，以报中国”。刘兴祚本来是不满明朝官将的欺压才逃入建州的，但他却因为在任上秉公审断女真人与汉人的纠纷，得罪了一批女真高官，发现自己无法保护汉人的合法权益，于是决心脱离后金。沈有容将这一情况向登莱巡抚袁可立作了回报，袁可立接受了刘兴祚的要求，并派沈有容出海接应。
刘兴祚开始积极准备，决定于起事，袁可立为此向朝廷上疏道：“今二月内，总兵沈有容执有生员金应魁奴酋伪授世袭总兵驻复州刘兴祚即刘爱塔密禀一纸，内称彼欲反正内应，以报中国，因求臣免死加衔牌票。臣念辽阳以纳降陷城，广宁以判官诱败，兴祚之言未可凭信。又思因间用间，实兵家妙用。……当此时也，乘宁前驻防之众，朝鲜助兵之初，大兵出关东下，旅顺犄角夹攻，宣川拥鲜众而应，恢复之功似有可图者。但谋贵万全，兵须审势，知彼知己，能为可胜，是又当慎图之耳”。
袁可立令两镇兵马奇兵出袭，“督兵过海，乘虚捣之”，沈有容起兵“自皇城岛掩袭旅顺南四卫”策应于南，毛文龙“自皮岛掩袭镇江九连城”抄袭于北。“巡抚袁可立使总兵沈有容以舟师赴岛上，与毛文龙连兵应之。”“命总兵沈有容于三月十三日率兵出海相机接应。去讫四月内，贼见登兵北来，毛帅之兵又交相接应，……五月登兵与岛帅布置相应。”张盘率领军队和登莱招抚的辽民混编的队伍一举打下金州，乘胜收复要塞旅顺、望海堡和红嘴堡等战略要地，使辽南数百里土地重新收归于明朝。
但因为叛徒王丙的出卖，刘兴祚遭擒，差一点被斩首，后来由于阉党迫害导致袁可立的离任，而使这一诱降计划受阻，但刘爱塔一意归降，最终还是在崇祯初年归顺明朝并战死疆场，这是明清战争史上明朝诱降满清级别最高的将领，为辽东间谍战之着名战例，至今为研究明清战争史者所称道。
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因为刘兴祚的反叛，努尔哈赤将辽东半岛的民众迁往内地，这时明廷有人就建议据守辽东半岛的金州，沈有容上言，“金州孤悬海外，登州、皮岛俱远隔大洋，声援不及，不可守。”但毛文龙依然派张盘进驻金州，但不久便被后金军击败，后金为了防止明军再度前来，焚毁了金州城的城垛与角楼。
袁可立曾下令让沈有容进军广鹿岛，沈有容是袁可立幕下的登镇总兵，曾在平倭和收复台湾及抗清战争中立下过赫赫战功。此次东征为老将出山，正于国家危难之际，登莱巡抚袁可立十分倚重之。然登州总兵沈有容并不满于东江总兵毛文龙依仗阉党势力的跋扈，二人矛盾日深。
魏忠贤当权，一批清流高官相继遭罢，袁可立也于此时再次遭贬，袁可立去，沈大将军无所依，决然随去。不久，沈有容得重病，连起居都步履颠危，于是以年老乞骸骨，以67岁高龄还乡，三年后，卒于家中，明廷念其功勋，追赠都督同知，并赐祭葬。
沈有容有八个儿子，有详细记载的有三个：六子沈寿崇袭其职，在北京近郊被李自成部所杀；八子沈寿峣，响应金声号召，组织义军抗清，兵败被杀；四子沈寿岳因积极支持郑成功与张煌言抗清，被斩首。真是将门出忠烈呀，沈有容上司袁可立的儿子袁枢，也在清军攻陷南京后拒不降清忧愤绝食而死。